Jak obliczany jest wynik wyrównania?
Jak obliczany jest wynik wyrównania?

Wideo: Jak obliczany jest wynik wyrównania?

Wideo: Jak obliczany jest wynik wyrównania?
Wideo: Jak wyrównać trawnik. Jak naprawić ubytki w trawniku. Pielęgnacja trawnika po zimie | Kasia.in 2024, Listopad
Anonim

ten wynik z an wyrównanie , S, obliczony jako suma substytucji i luki wyniki . Podstawienie wyniki są podane w tabeli przeglądowej (patrz PAM, BLOSUM). Luka wyniki są zazwyczaj obliczony jako suma G, kary za otwarcie przerwy i L, kary za wydłużenie przerwy. W przypadku przerwy o długości n koszt przerwy wynosiłby G+Ln.

W związku z tym, co to jest wynik wyrównania?

Optymalny wyrównanie oraz wynik wyrównania Optymalny wyrównanie jest wyrównanie dawanie najwyższego wynik , oraz wynik wyrównania czy to jest najwyższe? wynik . To jest wynik wyrównania X i Y = the wynik X i Y pod optymalnym wyrównanie . Na przykład wynik wyrównania z następujących X i Y wynosi 36.

Poza powyższym, jak działa dopasowanie sekwencji? W bioinformatyce, a wyrównanie sekwencji jest sposobem na zorganizowanie sekwencje DNA, RNA lub białka w celu zidentyfikowania regionów podobieństwa, które mogą być konsekwencją funkcjonalnych, strukturalnych lub ewolucyjnych powiązań między sekwencje.

Co to jest wynik w bioinformatyce?

W kontekście dopasowania sekwencji, a wynik to wartość liczbowa opisująca ogólną jakość linii trasowania. Wyższe liczby oznaczają większe podobieństwo. ten wynik skala zależy od punktacja zastosowany system (matryca substytucji, kara za przerwę).

Co to jest optymalne dopasowanie w dopasowaniu sekwencji?

ten optymalne wyrównanie dwóch białek sekwencje jest wyrównanie która maksymalizuje sumę wyników dla par pomniejszoną o wszelkie kary za wprowadzone luki. Programowanie dynamiczne pozwala optymalne wyrównanie z dwóch sekwencje znaleźć w kolejności mnkroków, gdzie m i n są długościami sekwencje.

Zalecana: